Problema
Um domínio adicional tem alguns efeitos negativos na hora de gerá-lo, entre os quais se destaca que adicionar um domínio adicional por sua vez gera um subdomínio e por outro lado o domínio também é acessível através da subpasta, por exemplo:
www.seudominio.com/dominioadicional.com
domínio adicional.seudominio.com
Caso contrário, um domínio adicional é 100% independente, funciona da mesma forma que o domínio principal e funciona corretamente com qualquer aplicação que você precisar.
Solução
Ter vários acessos possíveis significa que o motor de busca pode considerá-los como sites diferentes com o mesmo conteúdo com o consequente risco de os motores de busca considerarem conteúdo duplicado e os seus utilizadores verem endereços diferentes para o mesmo site.
Para resolver este problema, vamos redirecionar qualquer acesso que não seja de www.seudominio.com para esse endereço.
Vamos ao diretório criado para o domínio adicional e verificamos se existe um arquivo com o nome .htaccess dentro (se não houver, nós o criamos, lembre-se de um ponto antes do nome .htaccess).
Abrimos ou baixamos para poder editá-lo e adicionar o seguinte código acima do arquivo:
RewriteEngine ativado
RewriteCond %{HTTP_HOST} !www\.seudominio\.com$
RewriteRule [seudominio.com]?(.*) http://www.seudominio.com/$1 [R=301,L]
Tenha em mente que onde diz seudominio.com você deve modificá-lo para o domínio adicional em questão.