Puede hacer por PHP pero lo ideal es hacerlo directamente desde un archivo .htaccess en la raíz de cada dominio.
Hay dos formas de hacerlo. En la mayoria de los casos funciona mejor la segunda opcion aqui expuesta:
1º Opcion:
AddOutputFilterByType DEFLATE text/text text/html text/plain text/xml text/css application/x-javascript application/javascript
2º Opcion:
mod_gzip_on Yes mod_gzip_dechunk Yes mod_gzip_item_include file \.(html?|txt|css|js|php|pl)$ mod_gzip_item_include handler ^cgi-script$ mod_gzip_item_include mime ^text/.* mod_gzip_item_include mime ^application/x-javascript.* mod_gzip_item_exclude mime ^image/.* mod_gzip_item_exclude rspheader ^Content-Encoding:.*gzip.*